تعیین جنسیت ، دغدغه تعداد چشمگیری از کسانی است که به مراکز ناباروری قدم می‌گذارند.
آی وی اف علی رغم آنکه قادر به تعیین جنسیت انتخابی است، شاخه اصلی برای درمان ناباروی به حساب می آید.
پس از لقاح آزمایشگاهی اسپرم و تخمک انتخاب جنین ها در آزمایشگاه به دو جهت انجام می‌شود۱-تعین سلامت جنین (PGS)
و ۲-تعیین جنسیت (PGD)
زوج هایی که به دلایل و باور های مختلف تمایل به تعیین قطعی جنسیت جنین دارند، پیشرفت های علمی این اجازه را به آن ها می دهد تا انتخاب جنسیت جنین شان را با دقت ۱۰۰٪ انجام دهند.

در مواردی که مشکل ژنتیکی ای در زوجین اعلام شده باشد برای کاهش شانس انتقال آن ژن معیوب ،جنین شناسان یک سلول از هشت سلول جنین سه روزه را برداشته و برای بررسی های بیشتر به ازمایشگاه ژنتیک ارجاع می‌دهند تا جنینی که حامل ژن معیوب هست حذف شود
گرچه امکان تعیین جنسیت از سه روزگی جنین تشکیل شده از طریق آی وی اف ممکن است اما نه تنها نتیجه بخش بودن روش آی وی اف برای بارداری در بهترین حالت ٥٠تا ٦٠درصد است بلکه ممکن است برداشت سلول از جنین برای تعیین جنسیت به سلامت وی آسیب بزند و ۱۰ درصد از شانس موفقیت ان جنین بکاهد
درنتیجه توصیه می‌شود زوجینی که قصد فرزند اوری دارند برای فرزند اول اقدام به تعیین جنسیت با ای وی اف نکنند تا شانس بالاتری برای بارداری سالم داشته باشند .